Der Botanische Garten Jena ist der zweitälteste Botanische Garten Deutschlands und liegt am Rand des Stadtzentrums der Universitätsstadt Jena, gegenüber der Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek. Er erstreckt sich über eine Fläche von 4,5 Hektar und wird von den anliegenden biologischen, pharmazeutischen und botanischen Instituten sowie der Bevölkerung zur Bildung und Erholung genutzt. Der Botanische Garten Jena gehört zum Institut für Spezielle Botanik der Friedrich-Schiller-Universität Jena und zeigt etwa 12.000 verschiedene Pflanzen in mehreren beheizten Gewächshäusern und Freiflächen und steht der Öffentlichkeit, der Universität sowie Schülern aller Klassenstufen für den Unterricht zur Verfügung.

Jena-Zentrum ist ein Stadtteil der Stadt Jena. Er beinhaltet den infrastrukturellen und historischen Kern der Stadt sowie zahlreiche markante Bauten. In Jena-Zentrum leben 4.598 Einwohner (Stand: 30. Juni 2014).

Der Anatomieturm ist ein ruinenhafter Rundturm und Teil der Überreste der Stadtmauer von Jena. Er war der südwestliche Eckpunkt der mittelalterlichen Stadtumgrenzung, befindet sich am Teich- und Leutragraben sowie in unmittelbarer Nähe des Anatomischen Institutes und des Collegium Jenense. Das erhaltene Teilstück ist der fensterarme Sockel. Darauf aufgebaut war ein anatomisches Theater mit vielen Metern hohen Fenstern. Zur Mitte hin abschüssig, umgaben Holzbankreihen den Leichentisch. Hier fanden zu medizinischen Lehr- und Wissenschaftszwecken präparatorische Demonstrationen statt, vor allem für Medizinstudenten. Der Anatomieturm gewährte also zum einen durch die hohen Fenster eine gute Belichtung des Körperspenders, zum anderen bewahrte er sowohl durch die Lage des anatomischen Theaters in einigen Metern Höhe als auch durch die hörsaalähnliche Abschüssigkeit Diskretion. Im Anatomieturm forschten Johann Wolfgang Goethe und Justus Christian Loder am Zwischenkieferknochen des menschlichen Embryos und des Elefanten. Der Zwischenkieferknochen war der wissenschaftlichen Welt allerdings schon vorher bekannt, so dass Goethes und Loders Forschungen - entgegen ihrer irrigen Ansicht - keine neue Entdeckung darstellten.

Der Jentower (eigene Schreibweise JenTower) ist ein Hochhaus in Jena. Es ist mit 144,5 m Höhe (mit Antennenspitze 159,60 m) das höchste Bürogebäude der neuen Bundesländer nach offizieller Höhe (ohne Technikaufbauten). Er verfügt über 31 Geschosse, davon 2 Untergeschosse und 29 Obergeschosse. Der Turm ist in Gleitschalbauweise auf einer 3,20 m dicken Stahlbetonbodenplatte errichtet. Der Durchmesser beträgt 33 m. Die Vorhangglasfassade enthält 56 Fenster je Vollgeschoss, insgesamt 1.456 Fenster. Die Netto-Grundfläche beträgt rund 23.000 m². Angeschlossen an das Gebäude befinden sich ein Einkaufszentrum mit rund 6000 m² Einzelhandelsfläche sowie eine Tiefgarage mit 200 PKW-Stellplätzen. Der Jentower befindet sich derzeit (Juni 2008) im Eigentum der Saller Gewerbebau.

Das Gartenhaus ist ein Sinnbild der Friedrich-Schiller-Universität, begegnen sich doch hier zwei ihrer Traditionen: die philosophische und künstlerische um 1800, die Jena zu einer der bedeutendsten Universitäten in Europa werden lässt, und die naturwissenschaftlich-technologische, die in der Kooperation von Ernst Abbe, Otto Schott und Carl Zeiss zur Etablierung der optischen Industrie in Jena führte. Im März 1797 erwarb Friedrich Schiller das Gartenhaus an der Leutra, das damals in einer anmutigen, vorwiegend ländlich geprägten Gegend der Vorstadt lag. An der Südwestecke des Grundstücks ließ Schiller im folgenden Jahr ein Türmchen errichten, welches er liebevoll "mein Belveder" nannte und dessen oberes Stockwerk ihm als Rückzugsort zum Dichten diente. Während der drei Sommer, in denen Schiller mit seiner Familie das Gartenhaus bewohnte, entstanden Teile des "Wallensteins", der "Maria Stuart" und die berühmten Balladen für den Musenalmanach. Zugleich war der Garten ein Ort für Geselligkeit und intellektuellen Austausch. Am Steintisch fanden die abendlichen Gespräche mit Goethe statt, der bei seinen Aufenthalten in Jena fast täglich Schiller im Garten besuchte. Zu den zahlreichen Gästen des Hauses in dieser Zeit gehörten auch Johann Gottlieb Fichte, Friedrich Wilhelm Joseph Schelling, Ludwig Tieck, Sophie Mereau, Susette Gontard und Caroline von Humboldt.

Das Phyletische Museum ist ein von Ernst Haeckel begründetes Museum zur Phylogenese in Jena. Der Grundstein des Museums wurde am 28. August 1907, an dem sich der Geburtstag Johann Wolfgang von Goethes jährte, gelegt. Ernst Haeckel schenkte das Gebäude am 30. Juli 1908 der Friedrich-Schiller-Universität Jena anlässlich deren 350-jährigen Bestehens. Das Phyletische Museum wurde aus Stiftungsgeldern errichtet. Das Museum beherbergte zunächst keine Ausstellung. Die erste Dauerausstellung wurde 1912 von Ludwig Plate eröffnet, der Haeckel als Museumsdirektor 1909 gefolgt war. Es sollte von Anfang an nicht nur ein Naturkundemuseum sein, sondern die Entwicklung des Lebens vermitteln. Bis heute ist die Darstellung von Phylogenese (Stammesgeschichte) und Evolutionstheorie zusammen mit der Begegnung von Kunst und Natur das Hauptanliegen des Phyletischen Museums. Heute ist das Museum Teil des Institutes für Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie der Universität Jena. Es beherbergt umfangreiche zoologisch-paläontologische Sammlungen mit über 500.000 Stücken. Die Sammlungsgeschichte geht bis in das 18. Jahrhundert zurück. Es finden sich heute noch originale Stücke aus der Zeit, als Goethe Leiter der anatomisch-zoologischen Sammlung war. Die Sammlungen des Museums dienen als Grundlage der Forschung des Institutes, u.a. an der Anatomie von Hunden und anderen Säugetieren, an der Morphologie, Stammesgeschichte und biologischen Vielfalt der Insekten. Das Phyletische Museum zählt jährlich über 300 Schulklassen und 20.000 Besucher. Zur Dauerausstellung gehören der Evolutionssaal (u.a. Taubenrassen, AIDS, Buntbarsche, Ontogenese von Amphibien) sowie mehrere Säle zur Stammesgeschichte der mehrzelligen Tiere inklusive des Menschen. Seit Mitte der 1990er Jahre wurden bisher ca. 25 Sonderausstellungen präsentiert. Themen waren u.a. Domestikation, Diatomeen – Formensinn, Die kleinere Mehrheit – Fotos von Pjotr Naskrecki, Insekten & Sex. Die bis Anfang Oktober 2013 laufende Sonderausstellun